Tháng 9-1945, cùng với sự ra đời của Uỷ ban hành chính lâm thời tỉnh Hải Dương, đã hình thành bộ phận tham mưu giúp Uỷ ban làm công tác tổ chức. Bộ phận này gọi là Phòng Tổ chức cán bộ.
Năm 1961, Tỉnh uỷ quyết định sáp nhập Ban Tổ chức Tỉnh uỷ với Phòng Tổ chức cán bộ thuộc Uỷ ban hành chính tỉnh thành Phòng Tổ chức cán bộ thuộc Uỷ ban hành chính tỉnh. Đến năm 1963, Phòng Tổ chức cán bộ được chia tách thành Ban Tổ chức Tỉnh uỷ thuộc Tỉnh uỷ và Phòng Tổ chức cán bộ thuộc Uỷ ban hành chính tỉnh; đồng thời, Phòng Tổ chức cán bộ được sáp nhập với Phòng Dân chính thành Phòng Tổ chức dân chính thuộc Uỷ ban hành chính tỉnh. Tháng 8/1964, thực hiện Thông tư số 15/NV ngày 13/6/1963 của Bộ Nội vụ, Uỷ ban hành chính tỉnh cho thành lập Ban Tổ chức và dân chính trực thuộc Uỷ ban hành chính tỉnh.
Năm 1968, khi hợp nhất 2 tỉnh Hải Dương và Hưng Yên thành tỉnh Hải Hưng, Uỷ ban hành chính tỉnh quyết định chia tách Ban Tổ chức dân chính thành 2 ban là Ban Tổ chức và Ban Thương binh xã hội. Đến năm 1978, Ban Tổ chức được chia tách thành Ban Tổ chức và Ban Tuyển sinh.
Năm 1994, theo Nghị định số 181/CP ngày 9/11/1994 của Chính phủ các cơ quan làm công tác tổ chức ở tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương được đổi thành Ban Tổ chức chính quyền tỉnh.
Thực hiện Nghị quyết của Quốc hội khoá X về việc cho phép chia tách tỉnh Hải Hưng thành 2 tỉnh Hải Dương và Hưng Yên. Ngày 01/01/1997, tỉnh Hải Dương chính thức hoạt động theo đơn vị hành chính mới. Đến tháng 7 năm 2004 thực hiện Quyết định số 248/2003/QĐ-TTg ngày 20/11/2003 của Thủ tướng Chính phủ về việc đổi tên Ban Tổ chức chính quyền các tỉnh, thành phố thành Sở Nội vụ và Thông tư số 05/2004/TT-BNV ngày 19/01/2004 của Bộ Nội vụ hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức cơ quan chuyên môn giúp UBND quản lý nhà nước về công tác nội vụ ở địa phương, UBND tỉnh có Quyết định số 2620/QĐ-UB ngày 02/7/2004 quyết định đổi tên Ban Tổ chức chính quyền tỉnh thành Sở Nội vụ.
Ngày 04-02-2008, Chính phủ ban hành Nghị định số 13/2008/NĐ-CP quy định về tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương. Ngày 04/6/2008, Bộ Nội vụ ban hành Thông tư số 04/2008/TT-BNV hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Nội vụ, Phòng Nội vụ thuộc UBND cấp tỉnh, cấp huyện.
Thực hiện Nghị định của Chính phủ, Thông tư hướng dẫn của Bộ Nội vụ, UBND tỉnh Hải Dương đã ban hành các Quyết định số 20 và 21/2008/QĐ-UBND ngày 17/3/2008 sáp nhập Ban Thi đua- khen thưởng, Ban Tôn giáo vào Sở Nội vụ; Quyết định số 50/2008/QĐ-UBND ngày 20/10/2008 quy định về vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Nội vụ, đồng thời chuyển giao Trung tâm Lưu trữ (nay là Chi cục VTLT) trực thuộc Văn phòng UBND tỉnh về Sở Nội vụ từ ngày 01/01/2009.
Ngày 20/4/2011, UBND tỉnh Hải Dương ban hành Quyết định số 11/2011/QĐ-UBND về bổ sung nhiệm vụ và tổ chức làm công tác thanh niên của Sở Nội vụ. Thực hiện Quyết định này, Sở Nội vụ đã thành lập Phòng Công tác Thanh niên để thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước về thanh niên trên địa bàn tỉnh.
Ngày 04/04/2014, Chính phủ ban hành Nghị định số 24/2014/NĐ-CP quy định về tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Ngày 31/10/2014, Bộ Nội vụ ban hành Thông tư số 15/2014/TT-BNV hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Nội vụ, Phòng Nội vụ thuộc UBND cấp tỉnh, cấp huyện.
Thực hiện Nghị định của Chính phủ, Thông tư hướng dẫn của Bộ Nội vụ, UBND tỉnh Hải Dương đã ban hành Quyết định số 04/2015/QĐ-UBND ngày 30/3/2015 quy định về vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Nội vụ.
Thực hiện Đề án "Sắp xếp tổ chức bên trong các sở, ban, ngành tỉnh", đảm bảo mỗi sở, ban ngành giảm tối thiểu ít nhất 01 phòng chuyên môn, nghiệp vụ và tương đương; ngày 19/02/2020 UBND tỉnh Hải Dương đã ban hành Quyết định số 08/2020/QĐ-UBND sửa đổi, bổ sung khoản 2 mục III điều 1 Quyết định số 04/2015/QĐ-UBND ngày 30-3-2015 quy định về vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Nội vụ. Thực hiện Quyết định này, các tổ chức chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Sở Nội vụ gồm: Văn phòng; Thanh tra; Phòng Công chức, viên chức; Phòng Xây dựng chính quyền và Công tác thanh niên; Phòng Tổ chức biên chế và Cải cách hành chính (trên cơ sở hợp nhất Phòng Tổ chức, biên chế và tổ chức phi chính phủ và Phòng Cải cách hành chính).
Thực hiện Nghị định số 107/2020/NĐ-CP ngày 14/9/2020 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 24/2014/NĐ-CP ngày 04/4/2014 của Chính phủ quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; ngày 02/4/2021 UBND tỉnh Hải Dương đã ban hành Quyết định số 10/2021/QĐ-UBND về việc sửa đổi, bổ sung khoản 1 Điều 1 Quyết định số 08/2020/QĐ-UBND ngày 19/02/2020 của UBND tỉnh sửa đổi, bổ sung khoản 2 mục III Điều 1 Quyết định số 04/2015/QĐ-UBND ngày 30/3/2015 của UBND tỉnh quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Nội vụ. Thực hiện Quyết định này, các tổ chức chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Sở Nội vụ gồm: Văn phòng, Thanh tra, Phòng Tổ chức biên chế và cải cách hành chính, Phòng Công chức Viên chức, Phòng Xây dựng chính quyền và công tác thanh niên, Phòng Tôn giáo (trên cơ sở giải thể Ban Tôn giáo do không đủ tiêu chí thành lập Ban), Phòng Quản lý văn thư – lưu trữ (trên cơ sở giải thể Chi cục Văn thư – Lưu trữ do không đủ tiêu chí thành lập Chi cục).
Ngày 12/8/2021, Bộ Nội vụ ban hành Thông tư số 05/2021/TT-BNV hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Sở Nội vụ thuộc UBND cấp tỉnh và Phòng Nội vụ thuộc UBND cấp huyện. Thực hiện Thông tư hướng dẫn của Bộ Nội vụ; ngày 04/01/2024; UBND tỉnh Hải Dương ban hành Quyết định số 01/2023/QĐ-UBND quy định vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Nội vụ tỉnh Hải Dương. Theo Quyết định này, các tổ chức chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Sở Nội vụ gồm: Văn phòng; Thanh tra; Phòng TCBC và CCHC; Phòng Công chức, viên chức; Phòng XDCQ và CTTN; Phòng Tôn giáo; Phòng Quản lý VTLT. Cơ quan trực thuộc Sở Nội vụ: Ban Thi đua - Khen thưởng. Đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Nội vụ: Trung tâm Lưu trữ lịch sử.
